Elizabeth Proctor a fost acuzată de Mary Warren că a fost vrăjitoare în timpul proceselor de vrăjitoare Salem din 1692. Ea era însărcinată la acea dată, așa că nu a fost executată la momentul stabilit. Odată ce sa născut copilul lui Elizabeth, studiile despre vrăjitoare au fost terminate și ea a fost iertată.
În conformitate cu Ghidul orașului Salem din Massachusetts, Elizabeth Proctor a fost denunțată ca vrăjitoare pe 28 martie 1692. La 11 aprilie, când Elizabeth și Sarah Cloyce au fost examinate în instanță de mai mulți oficiali ai orașului, inclusiv adjunctul guvernatorului Thomas Danforth și căpitanul Samuel Sewall, ambele femei au fost acuzate de vrăjitorie și întemnițate.
Elizabeth Proctor a rămas în închisoare la Salem până la începutul lunii august, când a fost judecată pentru vrăjitorie și condamnată. Celelalte vrăjitoare care au fost acuzate în instanță în acea zi, inclusiv soțul lui Elizabeth, John, au fost spânzurate pe dealul Gallows, dar Elizabeth a primit o ședere temporară de execuție pentru că era însărcinată.
Până când a născut-o pe Elizabeth Proctor, studiile despre vrăjitoare Salem s-au terminat. Elizabeth a fost iertată și eliberată din închisoare. Dar, conform legii, ea era încă un criminal condamnat. Acest lucru a împiedicat-o pe Elizabeth să pretindă orice proprietate a sotului ei, John Proctor. Aceasta a inclus taverna de familie pe care a fugit-o de mulți ani. În 1697, la cinci ani după procesele vrăjitoare, o instanță de probă a restaurat zestrea lui Elizabeth Proctor.
Pe 17 decembrie 1710, Elizabeth Proctor a primit 578 de lire sterline și 12 șilingi în restituire pentru moartea soțului ei, John.