Alte realizări ale lui Darwin includ cartea sa din 1859, "Despre originea speciilor." Cartea controversată a pus la punct premisa selecției naturale, o teorie Darwin a început să se dezvolte în timp ce în Insulele Galapagos observă și realizează un sondaj al diferitelor forme de viață, inclusiv variații în finches care au locuit diferitele insule. Teoria sa propune ca speciile să se schimbe de-a lungul timpului și să se adapteze la mediul lor prin transmiterea unor caracteristici moștenite puilor lor pe baza succesului acelor trăsături biologice.
Teoria lui Darwin a sugerat că ființele umane au evoluat, de asemenea, pe baza selecției naturale, mai degrabă decât a fi create de Dumnezeu, așa cum este înțeles în învățăturile biblice. Posibilitatea ca oamenii să fi coborât din maimuțe era contrară învățăturilor creștinismului. El a fost aspru criticat de Biserică, dar teoria sa a fost acceptată în curând de comunitatea științifică și a devenit parte a teoriei științifice generale. Darwin a fost îngropat în Westminster Abbey.