La persoanele sănătoase, singurul efect secundar comun al probioticelor este disconfortul digestiv ușor, cum ar fi sub formă de gaz, conform Centrului Național pentru Sănătate Complementară și Integrativă. Cu toate acestea, începând cu anul 2015, oamenii de știință au încă unele incertitudini cu privire la siguranța pe termen lung a probioticelor și este necesară o cercetare mai aprofundată. Luarea probioticelor poate provoca infecții severe la persoanele care au suferit o intervenție chirurgicală recentă, sunt grav bolnavi sau au un sistem imunitar slăbit.
Nu toate produsele probiotice conțin aceleași componente de bacterii, ceea ce înseamnă că este posibil ca unele produse să fie mai sigure decât altele, notează Centrul Național pentru Sănătate Complementară și Integrativă. De exemplu, rezultatele unui studiu au arătat că o componentă specifică de Lactobacillus pare să fie sigură pentru persoanele sănătoase cu vârsta peste 65 de ani, dar studiul nu este o dovadă suficientă că utilizarea probiotică în general este sigură pentru persoanele în vârstă.
În ciuda pretențiilor că probioticele sunt utile în gestionarea unei game largi de condiții de sănătate, există puține dovezi științifice sau nu sunt disponibile, avertizează Centrul Național de Sănătate Complementară și Integrativă. Există unele dovezi că suplimentele probiotice previne diareea la persoanele care iau antibiotice sau au anumite infecții. Există, de asemenea, unele dovezi că probioticele pot diminua simptomele sindromului intestinului iritabil. Sunt necesare mai multe cercetări pentru a stabili care probiotice specifice sunt cele mai eficiente în furnizarea acestor beneficii și cât de mult pacienții trebuie să ia pentru a obține astfel de beneficii.