Câteva probleme legate de vânătoarea de balene includ extincția potențială a unor specii, lipsa unei modalități umane de a vâna balene pe mare și o scădere a cererii de carne de balenă și de produse. În 1986, Comisia pentru vânătoarea de balene a interzis vânătoarea de balene în scop comercial, dar Japonia, Islanda și Norvegia continuă vânătoarea de balene datorită lacunelor din interdicție.
Interdicția a fost pusă în aplicare după ce a devenit clar că vânătoarea de balene pune populațiile de balene în pericol. O practică nesustenabilă din cauza vieții lungi a animalelor și a reproducerii lente, vânătoarea de balene a redus numărul multor specii la o fracțiune din nivelurile lor anterioare.
Este, de asemenea, imposibil să ucizi o balenă uman pe mare. Baleliile sunt ținte în mișcare care sunt împușcate de la navele care se deplasează de-a lungul suprafeței adesea turbulente a oceanului. În plus, metodele folosite pentru a ucide balene, cum ar fi harpoanele de grenade, pot duce la o moarte lentă, dureroasă pentru animal.
O altă problemă este că cererea de produse și carne de balene este în scădere. În multe locuri, cererea de carne nu este suficient de mare pentru a consuma ceea ce este vânat. Din această cauză, carnea de balenă rămâne în depozite mari, înghețate. Subvențiile guvernamentale ajută vânătoarea de balene să rămână în afaceri în situații în care nu există suficientă cerere pentru produsele lor.