Principala problemă asociată cu ecoturismul este faptul că, atunci când mai mulți oameni vizitează un ecosistem fragil, probabilitatea de deteriorare a ecosistemului crește. În plus, ecoturismul poate distorsiona economiile locale, provoca o inflație locală masivă și poate cauza populației indigene să renunțe la mijloacele tradiționale de trai în favoarea locurilor de muncă din industria serviciilor.
Ecoturismul poate fi un instrument valoros în conservarea plantelor și a animalelor pe cale de dispariție. Atenția mondială adusă de ecoturism poate crește gradul de conștientizare a speciilor pe marginea drumului, iar vizitatorii pot aduce fonduri mult mai necesare pentru programele de conservare. Cu toate acestea, odată cu creșterea dolarului turistic, la fel și amenințarea pentru mediu.
Numarul mare de vizitatori poate cauza probleme cu epuizarea resurselor si poluarea. Necesitatea de a crea trasee și facilități pentru vizitatori poate afecta habitatele și poate conduce animalele departe de casele lor. Ghidurile neautorizate sau prost instruite pot duce vizitatorii în zone fragile fără îngrijorare pentru fauna sălbatică, crescând riscul de rău. În unele cazuri, speciile care se află în centrul atracției ecoturistice pot deveni ținte pentru furt și contrabandă, furnizând animale de pe piața neagră pentru străini bogați.
Ecoturismul poate avea, de asemenea, un efect negativ asupra economiilor locale. Companiile care oferă servicii turistice pot oferi locuri de muncă mai bune decât ocupațiile tradiționale din comunitate, privând orașele și satele de serviciile de care ar putea avea nevoie. În zonele primitive, acest lucru poate distruge economia locală în măsura în care comunitățile ar putea să nu poată supraviețui fără un aflux constant de bani și resurse.
