Există mai multe dezavantaje în folosirea ecografiei în medicină, dintre care una este potențialul de eroare a operatorului. Unele aparate produc și imagini cu rezoluție limitată.
Ecografia nu poate fi folosită pentru a studia nici o parte a corpului care conține gaz, deci nu este un instrument util pentru diagnosticarea problemelor pulmonare și ale tractului digestiv. Acest tip de studiu este, de asemenea, foarte limitat atunci când este folosit pentru a identifica fracturile și alte probleme cu oasele.
Site-ul CancerQuest spune că unele scanări cu ultrasunete pot produce fals pozitive, determinând pacienții să treacă prin biopsii și alte proceduri invazive care nu sunt necesare. Ecografia este, de asemenea, incapabilă să detecteze calcificarea țesutului mamar, făcându-l mai puțin util pentru detectarea unor forme de cancer la sân.
