Dezavantajul cel mai important al speciei selectate artificial este faptul că este foarte susceptibil la boli. Din moment ce anumite trăsături sunt cultivate, variația în cadrul speciei este mult diminuată, determinându-le să devină foarte sensibile la schimbările în mediu, inclusiv factorii biotici și abiotici.
Selecția artificială poate avea, de asemenea, consecințe neprevăzute, ca în cazul albinelor africane, cunoscute și ca albinele ucigașe. În timp ce albinele au fost crescute pentru a produce mai multă miere, trăsături care au provocat o creștere a agresivității au fost, de asemenea, transmise din greșeală. Acest lucru a dus la decesele mai multor oameni, deoarece albinele au devenit din ce în ce mai defensive.
Creșterea selectivă, un alt termen pentru selecția artificială, poate avea, de asemenea, un efect dăunător asupra speciei în sine, așa cum se vede în inbreedingul câinilor pentru a menține așa-numita puritate a anumitor rase. Unele rase de câini au multe complicații aparent inerente, cum ar fi displazia șoldului și o durată de viață mai scurtă.
În alte cazuri, cum ar fi banana, selecția artificială a produs hibrizi care sunt foarte sensibili la sterilitate. Acest lucru înseamnă că specia nu este în măsură să se reproducă în sălbăticie, deschizându-l la un risc mai mare de dispariție, deoarece o singură boală ar putea elimina efectiv întreaga specie.
