Principalul dezavantaj al unităților flash USB sunt ciclurile lor limitate de scriere și ștergere. Se poate scrie și șterge numai de aproximativ 100.000 de ori. Deși acest lucru nu poate afecta în mod semnificativ utilizatorul mediu, ar trebui să fie un considerent major pentru utilizatorii care intenționează să utilizeze unitatea degetului mare pentru a rula un sistem de operare sau un software de aplicație.
Unitățile Thumb sunt proiectate pentru a fi compacte și portabile, dar dimensiunea lor mică le face mai ușor de pierdut și de pierdut. Pentru a remedia situația, unii producători proiectează unitățile de flash într-un mod astfel încât să poată fi atașate la lănțișoare, coliere și lanțuri. Unitățile Flash sunt notorii pentru răspândirea virușilor de pe computer. Dacă unitatea USB nu are un mecanism de protecție la scriere, acesta devine instantaneu infectat atunci când un computer cu virus contaminat este utilizat pentru a accesa conținutul său.
Prețul pe unitate de stocare a unităților flash USB este mai mare decât cel al unităților hard disk externe. Ele sunt, de asemenea, mai mici în capacitate. Unitățile flash pot avea până la 128 GB de stocare, în timp ce hard-urile externe pot avea până la 2 TB de stocare. Memoria flash este ușor susceptibilă la electricitatea statică și chiar și cea mai mică încărcare electrică poate duce la pierderea datelor și deteriorarea ireversibilă. Principala calitate a răsturnării dispozitivelor flash este că acestea sunt portabile și convenabile.