Potrivit FindLaw din Marea Britanie, amenințările majore la adresa comerțului electronic pot fi grupate în două categorii, amenințări dăunătoare și accidentale. Unele amenințări periculoase includ hackerii care încearcă să penetreze un sistem și fură date sensibile, hoții fură un laptop care are date sensibile asupra acestuia și impostori care prezintă drept utilizatori legitimi și apoi copiază informațiile de pe site. O altă amenințare implică atacatorii care încalcă un site web de e-commerce pentru a fura informațiile despre cardurile de plată.
Potrivit Dell SecureWorks, amenințările la adresa securității e-commerce variază de la furtul de proprietate intelectuală și de la întreruperea activității la deteriorarea mărcii și a imaginii. Hackerii încearcă să încalce sistemele și rețelele de comerț electronic pentru a fura informații de proprietate asupra produselor și proceselor de fabricație. Ei apoi vând această informație infractorilor cibernetici, guvernelor și concurenților sau folosesc informațiile direct. Miezul amenințărilor directe la comerțul electronic afectează serverele care ar putea suferi atacuri de cod malware în care codul de programare rău intenționat este introdus în server pentru a avea acces la resursele sistemului.
Exemple de atacuri cu cod rău intenționat includ viruși, viermi, cai troieni și bombe logice. Există mai multe modalități de a asigura site-uri și tranzacții, cum ar fi blocuri de criptare care includ criptarea utilizând sisteme cheie simetrice și bazate pe asimetrie. Managementul cheie este crucial, iar uneori mai simplu poate fi mai bun.