Cele două regate ale bacteriilor sunt Archaebacteria și Eubacteria. Cele două regate au fost clasificate anterior într-un singur regat, Monera, dar cele două tipuri de bacterii au arătat destule variații pentru a justifica reclasificarea în două regate separate.
Deși atât Archaebacteria, cât și Eubacteria sunt procariote, ceea ce înseamnă că ele nu au structuri legate de membrană numite organelles, cele două regate au atât de multe diferențe între ele, fiecare aparținând unui domeniu separat. Celelalte patru regate, protists, fungi, plante și animale aparțin unui singur domeniu.
Arheebacteriile cuprind organisme care trăiesc în medii ostile, cum ar fi izvoarele termale, apa sărată și canalele de adâncime. Eubacteriile includ bacteriile mai cunoscute de om. Cianobacteriile, sau algele verzi-verzi, aparțin Eubacteriei. Celelalte Eubacterii provoacă boli umane, cum ar fi streptococ și botulism.
