Amfibienii folosesc o serie de metode diferite de respirație, cu minorii care utilizează gîturile și pielea înainte de a se transforma în adulți care utilizează plămânii și pielea. Toate amfibienii își păstrează pielea cel puțin oarecum umedă în orice moment permite schimbul de gaze. Piele lor subțire au o serie de vase de sânge dedesubt pentru a utiliza gazele absorbite. Diferitele specii, chiar și în același mediu, diferă în organele lor respiratorii.
Cele mai multe amfibieni încep viața ca animale acvatice. Cele mai multe branhii de amfibieni sunt de fapt structuri externe, care sunt pe deplin expuse, mai degrabă decât cele mai bine protejate de pește. Unii salamanderi nu trec niciodată de la a avea astfel de ghirlande, rămânând animalele acvatice cu ghimbiră toată viața lor. În schimb, un număr de amfibieni se naște ca animale terestre, cu plămâni în loc de branhii. Alte specii nu au nici plămâni, nici branhii, bazându-se în întregime pe pielea lor pentru schimbul de gaz.
Plămânii amfibieni, atunci când sunt prezenți, sunt mult mai diferiți decât plămânii mamifere sau alți plămeri mai avansați. Plămânii de mamifere au o structură tip burete, care le crește în mod drastic suprafața și permite schimbul de gaz mult mai eficient. Plămânii amfibieni sunt mult mai simpli, organe asemănătoare sacilor. Deoarece sunt cu sânge rece, nevoile de energie ale amfibienilor sunt, în general, mai mici decât cele ale mamiferelor și tind să-și folosească plămânii doar ocazional.
