Pinguinul împăratului se află aproape de partea de sus a lanțului alimentar, hrănind pește, krill și calmar. Numai mamiferele marine mari se hrănesc cu pinguinul împăratului, inclusiv cu rechinii.
Pinguinul împăratului este agil și puternic în apă, ambele calități care îl fac un bun prădător. Este un mare scafandru care se poate scufunda mai adânc decât alte păsări; înregistrări pentru scufundări pinguin împărat ajunge până la 1.750 de metri. Pinguinul împăratului petrece în mod normal în jur de cinci minute sau mai puțin la un moment dat sub apă și se scufundă la doar câteva sute de metri sub suprafață. Acest pinguin poate înota rapid atunci când scufundă pentru pradă.
