Potrivit Serviciului Marshal din S.U.A., una dintre cele mai vechi utilizări ale amprentelor digitale în scopul identificării datei vechiului Babilon, în urmă cu aproximativ 4300 de ani, când comercianții au utilizat amprentele digitale pe tablete din argilă pentru a finaliza tranzacțiile comerciale. Prima utilizare a amprentelor digitale în scopuri criminalistice în investigațiile poliției datează din 1892, când Juan Vucetich, un ofițer de poliție argentinian, a utilizat amprentele digitale pentru a identifica pentru prima dată un infractor.
Culturile vechi din China, Persia, Grecia, Egipt și Roma au utilizat amprentele digitale pentru a stabili identitatea în multe scopuri, inclusiv ca mărci ale producătorilor de ceramică, decorațiuni, semnarea contractelor de afaceri și împrumuturi între anumite persoane. Ei nu au utilizat amprentele digitale pentru a identifica un individ necunoscut în populația generală. Înregistrările legale arată că, în timpul dinastiei Qin, care a durat de la 221 la 206 î.H., chinezii au adunat amprentele de mână, amprentele digitale și amprentele digitale ca dovadă la locul crimei. În următoarele câteva secole, oamenii de știință și alți cercetători au studiat amprentele digitale în scopul dezvoltării unei taxonomii a tipurilor și modelelor. Datele au fost utile în multe discipline și au demonstrat anchetatorilor că amprentele digitale au fost unice și că ar putea fi utilizate pentru a stabili identitatea cu o certitudine. Sir Francis Galton este creditat cu caracteristicile de identificare a amprentelor digitale care sunt încă folosite de anchetatorii de la începutul anului 2014. Utilizarea legalizată a amprentelor sa răspândit rapid în secolul al XX-lea, iar până în 1971 FBI avea 200 de milioane de cartele de amprente aflate în dosar. Acestea au devenit baza de date pentru Sistemul de identificare a amprentelor automate.
