Celulele endoteliale și celulele mezoteliale diferă în funcție de locație. Endothelium linii vasele de sange si alte vase in forma de tub, in timp ce mesothelium acopera suprafata exterioara a organelor, in functie de Histology Learning Center de la Universitatea din Boston.
Ambele aceste celule epiteliale simple scuamoase sunt responsabile pentru căptușirea suprafețelor libere. Celulele endoteliale și celulele mezoteliului diferă de asemenea în concentrația citoplasmelor. Celulele endoteliale au în mod obișnuit între nuclee o citoplasmă foarte mică. Celulele mezoteliale tind să aibă mult mai multe citoplasme între structuri.
Endoteliul are contact direct cu sângele și limfa. Celulele endoteliale au un nucleu central și se află pe o membrană de bază fibroasă. Structura endoteliului implică suprapunerea celulelor multiple pentru a preveni scurgerile din vas. Endoteliul poate fi împărțit în continuare în endoteliu continuu, fenestrat și discontinuu. Endoteliul situat în vasele limfatice acționează împotriva infecției prin scurgerea fluidului interstițial din celule și țesuturi.
Mesotheliumul formează o acoperire protectoare în jurul multor organe vitale. Mesotheliumul este asociat cu cavitățile interne ale corpului, nu cu sângele și limfa. Ca și endoteliul, mezoteliul are un nucleu central și se află pe o membrană de bază. Celulele mezoteliale sunt subdivizate în diferite tipuri bazate pe localizarea și asocierea de organe. Atât endoteliul cât și mezoteliul sunt un strat cu o singură celulă groasă și sunt derivate din stratul mezodermic al embrionului.