Unele diferențe între alge și ciuperci sunt că aparțin unor regnuri taxonomice diferite și că obțină energie prin diferite surse. Algele sunt organisme asemănătoare plantelor care aparțin regatului Protista, în timp ce ciupercile aparțin regnului Fungi. O altă diferență sunt mediile în care aceste organisme pot trăi.
Algele sunt organisme fotosintetice care au clorofilă și pot să-și facă alimente proprii. Algele trăiesc în principal în medii cu apă și au nevoie de lumina soarelui pentru a supraviețui. Algele pot include diferite tipuri de organisme, cum ar fi algele verzi, diatome și dinoflagelate.
Pe de altă parte, ciupercile sunt descompunere care supraviețuiesc fie consumând materii moarte, fie consumând alte organisme, care sunt gazdele lor. Deoarece ciupercile nu au clorofilă, aceste organisme nu pot face alimente ca algele. Ele sunt heterotrofe, în timp ce algele sunt autotrofe. Ciupercile trăiesc în sol, aer și apă și pot prospera atât în lumina soarelui, cât și în întuneric. Unele tipuri de ciuperci sunt ciupercile, mucegaiul și drojdia.