Igiena sa îmbunătățit în Evul Mediu după izbucnirea morții negre. Oamenii au început să observe o corelație între o igienă mai bună și o scădere a bolii. Igiena sa îmbunătățit și mai mult atunci când cruciații au adus săpun din Orientul Îndepărtat în Europa.
Eliminarea deșeurilor și gunoiului nu a fost tratată cu aceeași grijă. Persoanele din Evul Mediu au preferat introducerea paietei sau a stufelor pe podele, în loc de covoare sau rogojini. Deși stratul superior de paie a fost adesea înlocuit, stratul inferior a fost de obicei lăsat și acoperit. În multe cazuri, același paie a rămas în vigoare de ani de zile, uneori până la 20 de ani. Paiele au avut deșeuri animale, mâncăruri vechi și multe alte excremente necitite. Oamenii deseori răspândesc levănțică, mușețel, petale de trandafir, margarete și fenicul peste paie sau rushes pentru a ascunde mirosurile proaste.