Obiectivul lui Clue Jr. este de a afla care copil se ascunde in camera in care este pet. Pentru a rezolva misterul, un jucător trebuie să viziteze toate camerele, să deschidă ușile pentru a găsi indicii ascunse și să treacă copiii, animalele de companie și camerele pe care le găsește acolo de la jurnalul de detectiv. De fiecare dată când un articol este scos din listă, este eliminat fie un copil, o cameră sau un animal de companie.
Un jucător învârte numărul de spinner pe rândul său și își mișcă piesa cu numărul corect de spații în orice direcție. Când se așează pe un covor în afara camerei, poate deschide ușa. Orice elemente văzute acolo ar trebui să fie trase de pe notepad-ul detectiv. Stă acolo până la următoarea întoarcere, când poate să se rotească și să se miște din nou. Când ea aterizează pe o scară secretă de trecere, se mișcă prin trecere și iese din spațiul din cealaltă parte a tabloului.
Jucătorii continuă să se rotească până când un jucător are doar un copil, o cameră și un animal de companie rămase pe jurnalul său de detectiv. Jucătorul trebuie să-i spună celorlalți jucători animalele de companie, copilului și camerei care rămân pe notepad. Dacă acestea se potrivesc cu cardurile din ușa dezvăluită cu albastru deschis, ea câștigă. Dacă nu se potrivesc, ea este în afara jocului și jocul continuă până când un alt jucător va ghici corect.
