Aspectele negative ale energiei din biomasă sunt similare cu cele asociate cu utilizarea combustibililor fosili pentru producerea de energie electrică, cu excepția faptului că combustibilii pe bază de biomasă sunt surse regenerabile de energie. Arderea combustibililor din biomasă provoacă îngrijorări legate de emisii și utilizarea apei. Combustibilii din biomasă sunt mai puțin eficienți și necesită mai mult teren.
Energia din biomasă utilizează combustibil din surse vegetale și animale. Aceste surse includ deșeuri cum ar fi așchii de lemn, canalizare, gunoi de grajd și copaci putreziți, dar includ și culturi cultivate special pentru conversia biomasei. În timp ce oamenii au folosit lemnul de secole ca sursă de căldură, energia din biomasă folosește această sursă de combustibil pentru alimentarea motoarelor sau a centralelor electrice generatoare. Cu toate acestea, crearea de surse de combustibil este adesea costisitoare, chiar și atunci când consumă deșeuri.În timp ce energia din biomasă ajută la reducerea emisiilor de dioxid de carbon, crește și alte gaze cu efect de seră, inclusiv metanul. Din punct de vedere ecologic, emisiile provenite de la o instalație de biomasă sunt la fel de dăunătoare ca cele provenite din combustibili fosili. Utilizarea deșeurilor provenite de la animale și oameni creează, de asemenea, mirosuri nedorite.
Deoarece energia din biomasă produce gaz metan, este nevoie de mai mult teren decât alte tipuri de producție de energie pentru a proteja cei care locuiesc în apropierea plantei. Dacă cererea de biomasă suplimentară depășește cantitățile de deșeuri disponibile, există posibilitatea ca fermierii să se transforme de la culturile alimentare la culturile de biomasă, ceea ce reduce disponibilitatea alimentelor. Cererea are, de asemenea, potențialul de a impune cerințe suplimentare asupra pădurilor deja stresate.