Muzeul de Zoologie al Universității din Michigan indică faptul că dușmanii primari sau pradatori ai pinguinilor împărați sunt niște petreceri uriașe, skua antarctice, sigilii de leopardi și balene ucigătoare. Petrels și skuas, se hranesc cu puii din coloniile de pinguini. Estimările sugerează că între 7 și 34% dintre pui sunt pradă.
Sigiliile de leopard vânează tinerii pinguini atunci când se duc la mare, dar împărații adulți sunt de asemenea ținte. Criminalii ucigași tind să meargă după păsări complet crescute. Împăratul pinguinii păzește pradă și îi avertizează pe alții în colonii când se apropie pericolul. În plus, National Geographic afirmă că atunci când pinguinii împărați se află în apă, ei sunt capabili de exploziile bruște de viteză scurte, care îi ajută să evite semnele.
