"Domnul muștelor" spune povestea unui grup de elevi britanici care supraviețuiesc unui accident de avion doar pentru a se găsi singurii locuitori ai unei insule. Ei sunt forțați să vâneze pentru alimente, să creeze adăpost și să-și dezvolte propria civilizație pentru a supraviețui.
Tema principală a "Domnului zboară" este de a demonstra diferențele dintre civilizație și sălbăticie. Avionul pe care elevii școlii se află este împușcat în timpul unui război, ucigând câțiva pasageri și pilot, lăsându-i pe copii fără o figură adultă să caute îndrumări. Întrucât lupta pentru putere se dezvoltă între cele trei personaje principale Jack, Ralph și Piggy, Ralph se ocupă rapid. Cu sprijinul lui Jack, el devine liderul băieților, în timp ce Piggy rămâne un outsider, îngrijorat de supraviețuirea pe termen lung a băieților.
Odată cu trecerea timpului, Ralph crește aprecierea maturității lui Piggy, în timp ce Jack încurajează anarhia și sălbăticia printre băieți. În cele din urmă, Jack câștigă majoritatea influenței asupra celorlalți băieți, încurajându-i să renunțe la resturile de politețe, culminând cu uciderea lui Piggy și a unui alt băiat, Simon, în mâinile celorlalți copii. După moartea lui Piggy, ceilalți copii încep să vâneze Ralph care, în timp ce alerga pentru viața sa, se prăbușește pe plajă și este găsit de un ofițer naval. Ofițerul nu crede povestea lui Ralph, crezând că băieții tocmai au jucat jocuri. Copiii sunt luați de pe insulă și înapoi în Marea Britanie pe nava navală.
