Caracteristicile specifice unei colonii sunt denumite morfologia coloniei, care ajută la identificarea speciilor. Pe lângă caracteristicile de bază, unele colonii pot fi identificate printr-o formă neregulată, filamentoasă sau rizoidică.
Întoarcerea antenei de cultură pe partea sa permite observatorului să observe dacă înălțimea sau secțiunea transversală a coloniei este ridicată, convexă, plată, umbonată sau craterioasă. Un factor suplimentar de identificare este opacitatea; colonia poate fi limpede, translucidă, opacă sau irizantă.