Flagella și cilia au exact aceleași structuri și funcții, iar numele indică doar câți sunt prezenți pe o anumită celulă. Când sunt găsite singure sau într-o pereche, aceste proeminențe celulare sunt numite flagella. Proeminențele identice ale celulelor sunt numite cilia dacă se găsesc în grupuri de trei sau mai multe.
Fiecare ciliu sau flagel individual este construit dintr-un miez de microtubule care se extinde din membrana plasmatică a celulei. Microtubulii sunt aranjați într-un model specific de nouă perechi care înconjoară două microtubuli singlet pentru a permite alunecarea. Miscarea de alunecare permite indoirea flagelului sau ciliului, facilitand deplasarea.
Mișcarea în flagelă și cilia începe la baza lângă suprafața celulei și se întinde de-a lungul proeminenței până la capăt în valuri.
Flagella se găsesc pe celulele spermatozoizilor și pe unele alge și sunt folosite pentru a propulsa întreaga celulă înainte. Cilia se găsesc înglobate în mucoasa tractului respirator, unde îndepărtează resturile și germenii care intră în nas sau gură și în tractul reproductiv feminin. Unele protozoare sunt acoperite în cilii și le folosesc atât pentru locomoție, cât și pentru tragerea hranei. Cel mai mic cilindru și flagelă sunt fiecare cu doar câteva microni, în timp ce cea mai mare întindere este de peste 2 milimetri. Flagella crește de obicei mai mult decât cilia.
