Unele dintre vegetația naturală din Peru include monocotiledonii, dicotiledonii, plantele de pernă cum ar fi Oxychloe andina, copaci precum Buddleja coriacea și pășuni precum Blechnum loxense. Aproximativ 40% din terenul din Peru acoperite de munții Anzi. Restul țării dispune de păduri și jungle din regiunea râului Amazon.
Se estimează că în țară locuiesc 21.462 de specii, cu 5.855 endemici pentru Peru. Un ecoregion major în Peru este regiunea centrală Andeană umedă Puna, care se găsește în Munții Andeni din Peru și Bolivia. Sa estimat că în această regiune din Peru se găsesc între 1.000 și 1.500 de plante vasculare. Monocotiledonii cuprind aproximativ 40% din vegetație. Planta gigantică Puya raimondii crește lângă Huarez și este considerată una dintre cele mai cunoscute plante din Peru.
În zonele umede înalte și indiene, oamenii de știință au descoperit planta Senecio sanmarcosensis, care a fost necunoscută înainte de 2009. Cactusii cresc de-a lungul coastei Peru și în zonele Highlands. Alte vegetații găsite în Peru includ orhidee, mușchi, palmieri, plante cu baldachin și iarbă de iu.
