O serie de teme sunt explorate în "Orașul sticlei", inclusiv homosexualitatea, dragostea, creștinismul, figurile de autoritate și alte credințe religioase. Prejudecația este, de asemenea, o temă majoră în carte. "Shadowhunters", de exemplu, sunt suspicioși pentru anumite grupuri de oameni, inclusiv vampirii care pot tolera lumina soarelui.
Dragostea este una dintre cele mai importante teme din "City of Glass". Povestea se concentrează pe călătoria lui Clary pentru a-și salva mama. Este ilegal ca Clary să intre în orașul în care mama ei este întemnițată, deci este o călătorie periculoasă care necesită un sacrificiu semnificativ.
Există, de asemenea, o serie de relații romantice între personaje în întreaga carte. Unul dintre vampirii capului din carte, Raphael, folosește sistemul creștin al creștinismului pentru a convinge restul familiei sale că nu este un vampir. Vizind o biserică în mod regulat și purtând o cruce, reușește să evite detectarea. Alte sisteme de credință sunt de asemenea menționate în carte, inclusiv Steaua lui David și Sigiliul lui Solomon.
Homosexualitatea este o temă care devine importantă atunci când personajul principal, Clary, vede un personaj feminin sărutând o altă fată. Două personaje masculine sunt, de asemenea, implicate într-un subplot homosexual din carte. De asemenea, profanitatea este comună în "Orașul sticlei".
