Râurile principale care curg în Germania sunt Rinul, Dunărea și Elba. Majoritatea orașelor germane au fost construite pe malurile acestor râuri. Alte râuri notabile includ Weser, Spree, Oder, Moselle, Main, Lech, Lahn, Isr, Havel și Ems.
Rinul este cel mai lung râu din Germania și al 12-lea cel mai lung din Europa. Începe în Alpii elvețieni din sud-estul Europei și face parte din granița franco-germană înainte de a trece prin Germania și, în cele din urmă, se golesc în Marea Nordului prin Olanda. Este de aproximativ 820 mile lungime și are mai multe ramuri și afluenți de-a lungul căii sale.
Dunărea se ridică din Pădurea Neagră din orașul Donaueschingen. Apoi, curge spre sud-est, trecând prin patru orașe capitale din Europa Centrală, înainte de a curge în Marea Neagră prin Delta Dunării din Ucraina și România. Râul Dunărea atinge sau trece prin granițele a 10 țări: Ungaria, Serbia, Austria, Germania, Bulgaria, Slovacia, România, Croația, Moldova și Ucraina. Bazinul său de drenare se extinde în nouă țări.
Elba se ridică în zona munților Krkonoše, în nordul Cehiei, înainte de a călători în Boemia, apoi în Germania și a fi golit în Marea Nordului. Printre afluenții săi principali se numără râurile Ohre, Schwarze Elster, Mulde, Havel, Saale și Vltava. Bazinul râului Elba este al patrulea ca mărime din Europa și este locuit de aproximativ 24,5 milioane de locuitori.
