Principalele corpuri de apă din Germania sunt râurile Dunărea, Rin, Elba și Weser. Germania are câteva lacuri mici, dar acestea sunt în cea mai mare parte glaciare și situate în munți. Cel mai mare lac, Bodensee, se află pe granița cu Elveția și Austria.
Cele mai mari râuri din Germania sunt Dunărea și Rinul. Rinul are o lungime de 820 de mile. Începe în Alpii Elvețieni și se îndreaptă spre nord spre Marea Nordului. Multe râuri și afluenți mai mici alcătuiesc sistemul Rinului. Printre acestea se numără râurile Lippe, Ruhr, Mosel, Neckar și Main. Rinul este deosebit de important pentru Germania, deoarece poate fi navigat cu barca pe întreaga lungime, făcându-l un traseu important de transport maritim pentru mărfuri.
Dunărea, care este unul dintre cele mai mari râuri din Europa, se află în sudul Germaniei. Începe în faimoasa pădure neagră a Germaniei și se îndreaptă spre est până la Marea Neagră. Sistemul Elba este al doilea cel mai lung rau din Germania. Râurile Oder și Neisse, deși nu râurile principale din Germania, formează granița dintre Polonia și Polonia.
Altele decât râurile și lacurile ocazionale, izvoarele minerale sunt o caracteristică importantă în Germania. Aceste izvoare se mândresc atât cu ape fierbinți cât și cu apă rece, și sunt fundațiile pentru câteva spa-uri celebre.
