Dezavantajele aplicației client-server includ lipsa de fiabilitate, instrumentele mature și scalabilitatea. Aplicațiile client-server sau software-ul care rulează pe un computer client au și dezavantajele unor costuri și riscuri mai mari de congestie a rețelei.
Întrucât aplicațiile client-server fac cereri către un server de la distanță de la un computer client, când serverul se oprește, operațiile se opresc. De asemenea, sistemele de operare de rețea, cum ar fi Windows NT Server, nu au scalabilitate. Un alt dezavantaj al aplicațiilor client-server este că acestea trebuie să fie instalate pe computerul fiecărui utilizator. În unele cazuri, acest lucru poate fi la fel de simplu ca utilizarea unei unități de rețea partajată. Cu toate acestea, poate fi la fel de dificil ca și petrecerea orelor de instalare și configurarea software-ului și a componentelor runtime pe calculatorul fiecărui utilizator.
Costurile asociate unei aplicații client-server depind de tipul. Aplicațiile client-server de două niveluri împart prezentarea, procesarea și datele în două unități, în timp ce aplicațiile tridimensionale împart interfața utilizatorului, funcționalitatea și datele în trei unități. Aplicațiile pe trei niveluri au costuri mai mari de testare și migrare atunci când o schimbare a regulilor de afaceri necesită o modificare a parametrilor de apelare. Costurile de codificare, testare și migrare sunt întotdeauna mai mari în sistemele pe două niveluri atunci când se compară costul trecerii de la un instrument propriu de dezvoltare client la altul. Alte costuri includ costuri de rețea, hardware și costuri de răspuns.
