Dezavantajele utilizării unui sistem de informații geografice sau GIS constau în faptul că natura sa tehnică ar putea reprezenta rezultate mai fiabile decât acestea, iar erorile și ipotezele pot fi ascunse, ceea ce duce la o lipsă de interogare rezultate. Un alt dezavantaj al analizei rezultatelor dintr-un GIS este că rezultatele vor fi la fel de exacte ca și datele de la care provin. Din acest motiv, este posibil ca datele să nu poată servi contexte diferite, mai ales dacă datele nu sunt aplicabile.
De exemplu, dacă datele de intrare introduse pe un GIS sunt introduse la nivel județean, rezultatele din GIS vor fi utilizate numai pentru nivelul județului, și nu pentru orice alt nivel, cum ar fi nivelurile județului sau al zonei. Disponibilitatea datelor, în sine, este, de asemenea, o problemă majoră. Dacă datele nu sunt disponibile, sistemul GIS este inutil.
În plus, sistemele GIS nu sunt ca alte programe. Ele nu provin "de pe raft", ceea ce înseamnă că ele trebuie asamblate și construite pentru un design utilizator. Acesta ar putea fi un proces lung, complex și costisitor. Din acest motiv, multe sisteme GIS nu se dovedesc a fi fructificate sau nu reușesc cu desăvârșire în implementarea lor, deoarece crearea lor a fost grăbit sau planificată inadecvat.
Sistemele GIS sunt adesea atât de complexe încât, în realitate, devine dificil să se descrie avantajele intangibile pe care le pot oferi, ceea ce face dificilă găsirea de finanțare pentru crearea lor. De asemenea, tehnologia din spatele tehnologiei GIS se extinde rapid, determinând sistemele GIS să aibă o rată ridicată de uzură. De asemenea, este foarte dificil să se facă programe GIS atât rapide, cât și ușor de utilizat. În general, sistemele GIS necesită un limbaj de comandă complex. Câmpurile de date și accesibilitatea acestora nu sunt, de asemenea, foarte înțelese și datele pot deveni incomplete, depășite sau eronate, ceea ce face ca GIS să fie înșelătoare.
