Există multe coduri GameShark pentru Metroid Fusion pe Game Boy Advance, în conformitate cu BS Free. Pentru a introduce aceste coduri, cartușul de joc trebuie introdus în dispozitivul GameShark și apoi introdus în Game Boy Advance. Mai întâi, introduceți codul de activare: "00000F6D 000A" și "100008B4 0007". Introducerea acestor coduri permite ca toate celelalte cheaturi să fie activate.
Pentru a activa codul de invulnerabilitate, introduceți "33001249 0001." Acest lucru îl face pe Samus să evite deteriorarea pe tot parcursul jocului. Opriți temporizatorul evenimentului introducând "830008D8 00DA". Imaginile mai rapide sunt activate prin introducerea "3300124E 0000." Acest cod îi permite lui Samus să facă focuri rapide de foc fără pauze între ardere.
Codul "83001252 A001" permite o funcționare rapidă, permițând lui Samus să funcționeze la viteză maximă fără oboseală. Pentru a activa saltul lunii, introduceți "74000130 03FE" și "83001260 0040." Sărirea lunii oferă lui Samus o înălțime de salt în creștere drastică. Pentru rachete infinite, introduceți "83001314 03E7". Pentru a avea rachete maxime, dar nu nelimitate, introduceți "83001316 03E7". Cod "33001318 0063" arme Samus cu un număr infinit de bombe super.
Dacă un jucător caută o formă extra-provocatoare de joc, el poate transforma toate rachetele și bombele cu codul "3300131B 0000". Deblocați toate armele, costumele și abilitățile speciale înainte de a le obține prin jocul normal, introducând "4300131A FFFF" și "00000003 0002". Introduceți "820382E4 0000" pentru a suspenda temporizatorul în joc și a seta ora 00:00.
