Istoria EFCC din Nigeria, acronim pentru Comisia pentru crime economice și financiare, a început odată cu înființarea sa în 2003. De la înființare, comisia a reușit să pedepsească și să condamne mai multe persoane de rang înalt persoane cu acuzații de corupție, inclusiv mai mulți directori bancari și oficialități guvernamentale.
Evenimente notabile din istoria organizației includ și ancheta din 2008 a lui Iyabo Obasanjo-Bello, sub suspiciunea de luare de mită folosind fonduri furate de la Ministerul Sănătății. Cazul a dus la judecarea ministrului sănătății de atunci și a deputatului său, sub acuzația de a fura aproximativ 300.000 de dolari din fondurile neutilizate alocate ministerului.
Pe 14 septembrie 2010, Abdullahi Muazu, care a fost șeful unității medico-legale a EFCC, a fost asasinat în Kaduna. Înainte de moartea sa, el a fost implicat activ în procese care implică mai mulți șefi de bănci influenți în Nigeria.
Competența juridică a EFCC în Nigeria se limitează la crimele financiare. Începând cu 2014, comisia se află direct sub guvernarea președintelui Nigeriei. Aceasta permite președintelui să numească și să concedieze președintele EFCC. Un caz în acest sens a avut loc pe 23 noiembrie 2011, când președintele Goodluck Jonathan a respins președintele Farida Mzamber Waziri și la înlocuit cu Ibrahim Lamorde.
