Diferența dintre Chihuahua cu miez și capul Chihuahua este forma craniului. Chihuahua cu un măr are un cran rotund, gălbui, asemănător cu un măr. Forma cu capul de cer sau cu cerb este mai plat cu o botă mai lungă, asemănătoare unei pere mai mult decât un măr.
Potrivit standardului oficial al clubului american de reproducție Chihuahua, aspectul corect al unei Chihuahua este întotdeauna "capul de mere". Capul câinelui ar trebui să fie o formă rotundă cu găuri. Geneticienii cred că forma de mere este rezultatul unei combinații de mutații care provoacă brachycephalus și hydrocephalus. Brachycephaly este o malformație a craniului care face să fie "înfundată" în față, conducând la o botă scurtă. Hidrocefalia este o cantitate excesivă de lichid în jurul creierului, ceea ce poate provoca probleme grave de sănătate. Forma de cerb pare a fi oarecum brachycefalică, dar nu are o cupolă legată de hidrocefalie. Câinii de pe câmp suferă de mai puține probleme de sănătate și pot fi mai ușor la trenul de ascultare, probabil pentru că nu au hidrocefalie.
Potrivit clubului american de rasă Chihuahua, multe Chihuahua nu suferă de probleme de sănătate legate de hidrocefalie. Simptomele de hidrocefalie obstructivă includ somnolență, agresivitate, dificultăți în educarea în spitale, mers alterat și, în cazuri extreme, convulsii. Cu toate acestea, în cazul în care Chihuahua are non-obstructive hydrocephalus nu pot exista semne clinice aparente.