Specificația sistemului de fișiere NTFS permite criptarea completă a datelor, care oferă utilizatorilor o protecție robustă împotriva accesului neautorizat la date; numai cei care au o parolă pot decripta datele. Pe platformele Windows, FAT32 acceptă doar gestionarea permisiunilor rudimentare în folderele partajate, în timp ce NTFS oferă gestionarea sofisticată a permisiunilor.
În timp ce fișiere individuale pot fi criptate pe orice sistem de fișiere, NTFS acceptă criptarea la nivel de sistem. Acest lucru le oferă utilizatorilor o modalitate de a se asigura că documentele importante sunt protejate, astfel că lipsa protocolului de criptare sau vulnerabilitățile software-ului de criptare nu pot duce la vulnerabilități.
Suportul pentru modelele de permisiune cu FAT32 variază în funcție de sistemul de operare țintă, însă sistemele de operare Windows permit în general gestionarea permisiunilor la nivel de rețea numai pentru folderele partajate. În sistemele cu utilizatori multipli, utilizatorii care doresc să-și protejeze informațiile de alți utilizatori trebuie să-și cripteze datele.
În plus față de asigurarea unei securități mai bune împotriva accesului neautorizat, NTFS oferă o securitate mai bună a integrității fișierelor decât FAT32. NTFS stochează un jurnal al tranzacțiilor de date; înregistrările sunt stocate înainte ca informațiile să fie mutate, șterse sau copiate. În cazul în care calculatorul își pierde energia în timpul acestei tranzacții, jurnalul poate ajuta la restabilirea informațiilor pierdute și la finalizarea sarcinii. Partițiile FAT32, pe de altă parte, sunt vulnerabile la coruperea datelor. Această corupție este adesea fixabilă, dar datele pot fi în continuare pierdute.
