Nu este posibil să călătorești în spațiul cosmic în Pokemon Emerald. Jucătorii vizitează Centrul Spațial Mossdeep pe parcursul jocului, dar nu se pot îmbarca pe o rachetă pentru a merge în spațiu.
Zvonul că este posibil să se ducă în spațiu probabil a început cu Pokemon Deoxys, despre care se spune că vine din spațiu. Deoxys se obține la insula de naștere în acest joc. Începuturile de testare sunt periodic efectuate la stație, iar un om de știință de acolo dă un număr curent de teste de succes, dar jucătorul nu poate participa la ele în nici un fel. Numărul pe care omul de știință îl dădește corespunde efectiv numărului de săptămâni care au trecut de la începutul jocului.
Pe parcursul jocului, Team Magma preia Centrul de Spațiu și jucătorul trebuie să-l ia înapoi de la ei. Acest eveniment are loc la scurt timp după ce jucătorul câștigă Mind Badge de la Mossdeep Gym. Odată ce echipa Magma a preluat controlul asupra facilității, jucătorul trebuie să elibereze toate echipele Magma Grunts de la primul etaj. După ce se termină, jucătorii pot avansa la etajul al doilea, unde se întâlnesc cu Steven Stone. Piatra se alătură jucătorului pentru o dublă bătălie împotriva Maxie și Tabatha.
