O temă din "Prin apele Babilonului" lui Stephen Vincent Benet explorează modul în care civilizațiile se îndreaptă în urma atacurilor nucleare generalizate. O altă temă explorează modul în care Ioan vine de-a lungul călătoriei sale în toată țara.
În timp ce studiază pentru a deveni preot, Ioan are o viziune asupra faptului că intră pe locul zeilor, ceea ce este numit New York City de multe generații după ce războiul nuclear a devastat majoritatea lumii. Încurajat de tatăl său să călătorească la locul zeilor, John se prezintă, trecând pe drumul "Locurile moarte" sau structuri care rămân radioactive. Deși Ioan a intrat odată într-un loc mort împreună cu tatăl său, îi mai teme încă și ce se poate întâmpla când este înăuntru. În călătoria sa, el își învinge teama și vine de la vârstă. El intră în aceste locuri moarte și găsește un cuțit ruginit într-unul, un instrument util într-o societate în care majoritatea oamenilor vânează cu arcuri și săgeți.
În locul zeilor, Ioan dă seama că este probabil sigur. El decide să studieze cărțile care rămân în oraș și să ia această casă cu el. El nu-și dă seama că acest lucru îi pune pe cei care rămân în pericol pentru repetarea evenimentelor care au declanșat inițial războiul nuclear. "Prin apele Babilonului" avertizează împotriva consecințelor războiului nuclear și servește ca o reamintire că, fără intervenție, istoria se repetă.
Luând numele său dintr-un verset din Psalmul 137, "Prin apele Babilonului" examinează rămășițele fizice ale unei America post-apocaliptice, cum ar fi turnurile și monumentele, precum și rămășițele emoționale ale unui popor spulberat de evenimente din controlul lor.
