Ciresii cu flori sunt susceptibili la o serie de boli fungice, cum ar fi putregaiul maroniu (numit si blossom blightom), nodul negru si Eutypa dieback. Odată ce un copac este infectat cu o ciupercă, nu există nici un tratament. Membrele deteriorate trebuie îndepărtate și aruncate cu grijă departe de grădină. Aceste boli comune fungice pot deteriora grav sau ucide un cireș de flori.
putregaiul roșu infectează florile cireșei la fel cum încep să se estompeze în primăvară. Apare mai întâi ca niște puncte negre mici pe flori și se întinde spre membre, deplasându-se în jos până la trunchi. Membre infectate cu putregai maro trebuie să fie tăiate înapoi la cel puțin 8 inci de la infecție. Nodul negru se răspândește și în primăvară. Se înmoaie în noduri pe copaci până când căldura și umiditatea arzătorului se eliberează și dispersează sporii. Apare mai întâi pe arbori ca noduri de corky care devin lent verde, apoi negru. Infecția cu nodul negru interferează cu sistemul circulator al arborelui, cauzând înghițirea și murirea membrelor. Orice ramuri cu noduri trebuie să fie tăiate, la cel puțin 3 centimetri sub nod, în timpul iernii și începutul primăverii.
Ciuperca Eutypa lata provoacă distrugerea cireșului în primăvara și vara târzie. Pătrunde în copac în picături de apă prin site-uri tăiate, provocând mișcări bruște ale membrelor. Tulpinile de tip wilted trebuie să fie tăiate înapoi la cel puțin un picior de la infecție. În cazul tuturor infecțiilor fungice, echipamentul de tăiere trebuie dezinfectat între fiecare tăietură și între copaci pentru a împiedica răspândirea acesteia. Fungicidele pot ajuta la prevenirea infecțiilor, dacă sunt folosite la începutul primăverii.