Cauza cea mai frecventa a apei din fundul marii este contaminarea cu fier. O schimbare brusca a culorii apei inseamna ca contaminantul este introdus recent in fantana si poate fi cauzat de contaminarea industriala, corpuri de iluminat sau fontă naturală din pământ.
Tratamentul chimic și filtrarea sedimentelor sunt folosite pentru a îndepărta fierul din apa din puț. După ce fierul a fost înlăturat, apa necesită un tratament chimic suplimentar pentru a ucide orice bacterii consumatoare de fier care au format un biofilm în apa din puț. Dacă fierul rămâne în apa din puț, bacteriile se pot întoarce și pot provoca probleme să se repete.