"IGI-2: Covert Strike" conține 19 misiuni de un singur jucător, care variază de la supravegherea sub acoperire și scapă la heists și agresiuni la scară largă. Misiunile apar într-o mare varietate de interior și exterior locații. Jucătorul ajunge să aleagă cum se apropie și completează fiecare misiune.
Fiecare misiune are un obiectiv și există mai multe căi disponibile pentru realizarea fiecăruia dintre aceste obiective. Deoarece jucătorul este depășit în numeroasele misiuni, abordările stealth sunt de obicei cele mai eficiente, dar fiecare jucător poate alege modul în care dorește să joace într-o misiune cu misiune. Nivelurile de dificultate sunt stabilite la începutul fiecărui joc, iar scenele tăiate preced și urmează fiecare misiune pentru a spune povestea jocului.
