"Pokemon Yellow" deține multe secrete, inclusiv Pokémon special, tehnici ascunse și articole secrete. Spre deosebire de "Pokemon Red" sau "Pokemon Blue", este posibil să dobândești toate cele trei Pokémon de start. Pentru a obține Squirtle, jucătorii trebuie mai întâi să bată pe Lt. Surge. Apoi, trebuie să-l găsească pe ofițerul Jenny în mijlocul orașului; ea oferă până Pokémon puternic de apă.
Charmanderul poate fi găsit mergând în orașul Cerulean și învingând cei cinci antrenori de pe podul care merge spre nord. După ce bate instructorii, jucătorii se pot îndrepta spre prima pasarelă pătrată și pot vorbi cu omul de acolo; el renunță la un Charmander. Bulbasaur se găsește și în orașul Cerulean. Jucătorii pot merge în casa de lângă Centrul de Pokémon pentru a întâlni Melanie, care îi pasă de Pokémon rănit. Dacă Pikachu este fericită, Melanie o oferă lui Bulbasaur jucătorului. Dacă Pikachu nu este fericit, jucătorii pot da Pikachu cinci poțiuni la rând și apoi vorbi cu Melanie din nou.
Pentru a găsi legendarul Zapdos, jucătorii ar trebui să folosească tehnica Surf pentru a intra în apa de lângă Tunelul Rock. Ei trebuie să urmeze curentul spre centrala electrică pentru a localiza Zapdos lângă ieșire. Pentru a găsi tehnica ascunsă Mimic, un jucător trebuie mai întâi să cumpere un Pokédoll la Celadon Mart. Apoi, el trebuie să meargă la Saffron City și să vorbească cu Copycat, care împarte tehnica rară. În orașul Celadon, jucătorii pot verifica colțul de joc pentru a găsi niște monede secrete. Ei pot în jurul valorii și apăsați "A" în mod repetat pentru a găsi aceste monede pe podea.
