Caracteristicile fizice cele mai distinctive ale Orientului Mijlociu sunt deșerturile sale vaste, însă regiunea este, de asemenea, locuință a lanțurilor muntoase, a platourilor înalte și chiar a câtorva văi fertile de râu. Regiunea găzduiește cel mai mic punct de pe Pământ, Marea Moartă, care se află la mai mult de 1400 de metri sub nivelul mării. Zonele de munte din partea de est a regiunii se ridică spre vârfurile înalte din Himalaya, cu vârfuri de peste 15.000 de picioare în altitudine.
Cu o mare parte a regiunii dominate de câmpii desert uscate, calde, râurile din Orientul Mijlociu sunt surse importante de apă pentru civilizații. Râul Nil a servit ca sânge al vechilor egipteni, iar ciclul său regulat de inundații și retrageri a dus la dezvoltarea unor proiecte enorme de construcții civile, cum ar fi piramidele. Tigris și Eufrat au hrănit civilizația Mesopotamiei și sunt încă râuri importante pentru oamenii din Irakul modern.
Plajele și lanțurile muntoase sunt, de asemenea, caracteristici importante ale regiunii. Terenul în creștere al Levantului, la granița de est a Mediteranei, a ajutat la scoaterea apei din briza mării umede pentru a produce un pământ verde și fertil adecvat pentru așezare. Munții Taurus din Turcia separă regiunea de Asia, izolând civilizațiile care au apărut în această zonă.