Principalele resurse naturale din Kenya includ pescuitul, apa, pădurile, zonele umede, biodiversitatea și o varietate de minerale. Aceste minerale includ calcar, pietre prețioase, sare, zinc, gips, diatomit, calcar și altele.
Baza resurselor naturale din Kenya se confruntă cu amenințări la adresa activităților socio-economice, cum ar fi agricultura, comerțul, turismul și așezările umane. Țara se confruntă, de asemenea, cu poluarea apei cu deșeuri generate de oameni, braconaj și defrișări. Utilizarea îngrășămintelor chimice și a pesticidelor are ca rezultat și o calitate slabă a apei. Din cauza legilor inadecvate privind utilizarea terenurilor și a resurselor naturale, Kenya a experimentat gestionarea redusă a resurselor și a terenurilor, precum și disputele funciare care au condus la inegalitate și sărăcie răspândită.
Geografia Kenyei este compusă din câmpii joase care se ridică în ținuturile înalte care dau drumul spre Valea Marelui Rift. Cele două mari râuri din Kenya sunt Tana și Galana, iar un platou fertil se află pe partea vestică a țării. Peste 1% din teren este ocupat de culturi permanente, dar mai mult de 9% este arabilă.
Kenya se confruntă cu inundații în timpul sezoanelor ploioase, precum și secetă severă în alte perioade ale anului. Există, de asemenea, o activitate vulcanică, iar cea mai mare parte a geologiei țării este dominată de tectonica rutieră de-a lungul văii Marelui Rift.