Râurile principale din Puerto Rico sunt râul La Plata, Río Grande de Loíza, râul Bayamon și Río Grande de Arecibo. Toate râurile mari din Puerto Rico curg spre nord peste munți la Oceanul Atlantic.
Râul La Plata este cel mai lung râu, situat în partea de nord a insulei. Este de aproximativ 60 mile lungime. Río Grande de Loíza este cea mai largă și cea de-a doua cea mai lungă de pe insulă, care circulă la 40 de mile. Râul Rio Bayamón trece prin municipiul Bayamon, care se află pe valea de coastă nordică. Río Grande de Arecibo curge, de asemenea, prin partea de nord a insulei, trecând de-a lungul unui defileu de 200 de metri adâncime și de 800 până la 1200 de metri lățime.
În partea de sud a insulei există mai puține râuri și, în general, sunt mai scurte și mai puțin volumice decât cele din nord. Multe dintre râurile care circulă spre sud se usucă pentru majoritatea anului. Puerto Rico nu are lacuri naturale considerabile, naturale, perene, deși are 15 rezervoare care sunt denumite lacuri. Aceste rezervoare se formează prin barajul râurilor principale.
