Doar în Pokemon Black, este posibil să prindeți Weedle, Kakuna, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plusle, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornadus Reshiram. Numai în Pokémon White este posibil să prindeți Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solos, Duosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus și Zekrom. Există, de asemenea, anumite modificări estetice și bătălii specifice care sunt diferite.
Legendarul Pokemon care se alătură playerului pentru a lupta cu caracterul misterios "N" depinde de jocul pe care îl are jucătorul. Când joci Pokémon White, jucătorul primește Black Pokemon de tip electric și de dragon numit Zekrom. Când joci Pokemon Black, jucătorul primește White Pokemon Reshiram de tip Fire-and-Dragon.
Legendarul meteo Trio Pokémon pe care un jucător îl întâlnește, de asemenea, depinde de versiunea jocului pe care îl joacă. Jucătorii cu Pokemon Black întâlnesc Thundurus, în timp ce jucătorii cu Pokemon White întâlnesc Tornadus. Ambele aceste Pokémon sunt necesare pentru a avea acces la Landorus, deci un jucător trebuie să facă schimburi între versiuni de joc pentru a le obține.
Pe lângă faptul că fiecare versiune are anumite Pokémonuri exclusive, există diferențe estetice între Opelucid City și Mistralton City. Drayden este liderul gimnazial al Opelucid în Pokémon Black, dar în Pokémon White este Iris.
Serebii explică faptul că în Pokemon Black există o zonă industrială numită Black City; dar în Pokémon White, acesta este înlocuit de o zonă numită Pădurea Alba. În Pokémon Black, orașele par mai avansate și mai futuriste. Clădirile au lumini de neon, uși automate și sere. În Pokémon White, orașele sunt mai rurale și mai tradiționale. Clădirile au căi de piatră, hambare și grădini.
Potrivit lui Bulbapedia, în ambele jocuri există un personaj numit Charles distrugătorul inimii. În Pokémon Black, el provoacă jucătorului la o bătălie de rotație; și, în Pokemon White, el provoacă jucătorului la o luptă triplă.
