Scopul cromatografiei pe hârtie este de a separa un amestec în diferitele sale componente. Folosind un eșantion care este un amestec de mai multe componente colorate, cum ar fi cerneala sau pigmenții de frunze, permite omului de știință să vadă componentele pe care le separă. În cazul probelor care nu afișează culori, sunt necesare alte mijloace de detectare.
Ideea din spatele cromatografiei este că diferite substanțe chimice se vor deplasa prin diferite substraturi la rate diferite. Prin urmare, dacă coloana este suficient de lungă, diferitele substanțe pot fi separate, fie pentru fracționare, fie pentru analiză. In timp ce oamenii de stiinta folosesc tipuri avansate de cromatografie cu echipamente specializate, procese similare permit oamenilor de stiinta de juniori sa experimenteze acasa. Filtrele de cafea tăiate în benzi constituie un mediu ideal pentru practicarea abilităților de cromatografie. About.com sugerează utilizarea creta albă ca mediu pentru separarea de cerneală sau de colorare alimentare în diferite componente folosind alcool de frecare ca un solvent. Odată ce creta se usucă, se scrie cu diferite culori.
Cromatografia pe hârtie permite utilizatorului să introducă un spot al unei substanțe cunoscute alături de un necunoscut pentru a determina dacă cele două sunt aceleași prin modurile în care culorile se separă. În mod similar, cromatografia se folosește în multe domenii diferite, printre care testarea medicală, cercetarea științifică, analiza chimică și industria.