Diferența majoră dintre AGP și PCI este faptul că plăcile PCI sau periferice de interconectare a componentelor au acces numai la memoria încorporată de pe card, în timp ce AGP sau cardurile grafice accelerate au acces la memoria sistemului în scopul pentru a ajuta la operații complexe precum cartografiere textură. Un slot AGP oferă unui card video acces direct la procesor printr-o magistrală dedicată, oferind o lățime de bandă mai mare decât PCI.
Sloturile AGP au, de asemenea, un canal dedicat punctului punct care oferă controlerului grafic un acces direct la memoria sistemului principal atunci când procesează grafică. Aceste îmbunătățiri permit cardului video AGP să funcționeze mult mai rapid decât o placă PCI.
O altă diferență între cele două este faptul că PCI este o magistrală în timp ce AGP este un port deoarece conectează două noduri. PCI și AGP diferă de asemenea în ceea ce privește cerințele minime de aliniere și lungime pentru tranzacții. Operațiunile PCI sunt aliniate la 4 octeți și trebuie să fie multipli de 4 octeți, în timp ce tranzacțiile AGP sunt aliniate la 8 octeți și trebuie să fie multipli de 8 octeți. Sloturile PCI și AGP au dimensiuni diferite. Aceasta înseamnă că plăcile PCI nu se pot potrivi în sloturile AGP și invers. Fiecare dintre sistemele grafice are o conexiune dedicată proprie.