Bacteriile ocupă propriul domeniu de viață. Domeniul Eubacteria este extrem de divers și cuprinde nu mai puțin de 30 de phy distincte, conform schemei de clasificare LSPN. Din cauza dorinței cu care bacteriile schimbă genele între barierele de specii prin transferuri genetice laterale, clasificările ferme în funcție de linia de origine sunt dificil de stabilit cu certitudine.
Taxonomii împart viața în subordonate majore, în special domenii, împărății, triburi și clase. Bacteriile aparțin domeniului Eubacteria, care este unul dintre cele trei domenii ale vieții pe Pământ. Potrivit Wikipedia, vechea denumire a bacteriilor, Prokaryota, poate fi utilizată doar pentru a distinge bacteriile și arheii de plantele, animalele și ciupercile din Eukaryota și, prin urmare, are o valoare limitată. În Eubacteria, organismele sunt grupate în phyla și clase, deși aceste niveluri de clasificare au fost dezvoltate pentru eucariote și nu pot lua în considerare frecvența cu care bacteriile comercializează material genetic.Liniile tradiționale de filogenie încep să se descompună la niveluri sub clasă, deoarece "speciile" bacteriene rareori există în izolarea genetică, notează Wikipedia. Clasificarea la nivel inferior devine astfel în mare măsură o chestiune de opinie, deoarece regula majorității pentru identificarea unei specii bacteriene, dacă este aplicată mamiferelor, ar grupa oamenii, maimuțele și maimuțele împreună ca o singură "specie".
