Progresul jucătorului este salvat automat la sfârșitul fiecărui capitol sau nivel al "Indiana Jones" pentru Wii. Jucătorii nu pot salva manual jocul.
În timpul unei salvări automate, în colțul din dreapta jos al ecranului este afișată o pictogramă de pălărie. Șahul dispare odată ce salvarea este completă. Jocul este stocat pe blocuri libere sau spațiu de stocare pe Wii sau pe cardul de memorie. Orice progres care este făcut înainte de a ajunge la sfârșitul unui capitol sau nivel este pierdut dacă nivelul nu este finalizat.
Jucătorii pot încărca jocul salvat selectând opțiunea de încărcare din meniul principal.
