Pentru a prinde Deoxys în versiunea Pokemon SoulSilver, jucătorii trebuie să transfere Deoxys în Pal Park din versiunea Ruby, Sapphire sau Emerald. Singura modalitate de a obține Deoxys în Pal Park este de a folosi un joc salvat și transferați Pokemon în Pal Park folosind slotul GameBoy Advance de pe Nintendo DS.
Pentru a prinde Deoxys în versiunea HeartGold sau SoulSilver, jucătorii trebuie să fi captat mai întâi Deoxys în versiunea Ruby, Sapphire sau Emerald. Jocul GameBoy Advance cu jocul salvat pe acesta ar trebui introdus în slotul GBA pe un Nintendo DS sau DSLite. Versiunea HeartGold sau SoulSilver ar trebui apoi introdusă în slotul pentru cartele DS și jocul ar trebui să fie pornit.
Potrivit lui Bulbapedia, singura modalitate de a captura Deoxys este să-l întâlnești în Pal Park. Pal Park în sine poate fi accesat numai cu ajutorul HM03 (Surf). Chiar și după ce jucătorii ajung în Pal Park, nu vor putea intra până când nu au completat întregul Sinnoh Pokedex și au obținut Pokedexul Național.
Odată ce Pokedex-ul național este în posesia jucătorilor, trebuie să se îndrepte spre parc și să vorbească cu profesorul Oak pe ruta 221. Opțiunea "Migrate From" ar trebui selectată în ecranul principal al meniului și va fi apoi posibilă alegerea Pokemon pentru a importa din jocul GameBoy Advance. Odată ce se selectează Deoxys, va fi lansat în sălbăticie.
După eliberarea lui Deoxys în Pal Park, jucătorii pur și simplu trebuie să rătăcească zona până când o vor întâlni. Capturarea este un proces simplu, deoarece mingea specială din Park are o rată de captură de 100%.
Este important să rețineți că, odată ce Deoxys va fi transferat din jocul GameBoy Advance, acesta nu va mai fi disponibil pe acel coș.
