Cea mai bună metodă de a curăța liniile de sirop ale unei fântâni de sifon este spălarea sistemului tubular cu o soluție de curățare fără prescripție de înălbire. Bleach corodează plasticul în tuburi și poate provoca probleme de sănătate. Aceste soluții de curățare sunt proiectate ca niște pungi în cutie, care sunt asemănătoare cu cutiile de alimentare cu sirop utilizate în fântâni cu sifon.
Pungile de alimentare cu sirop sunt conectate la tuburile de dozare folosind un adaptor BIB. Același adaptor este utilizat pentru a conecta soluțiile de curățare în cutie la sistemul tubular cu sifon. Acest proces de curățare funcționează exact la fel ca atunci când mașina de sifon distribuie sirop. Soluția de curățare este cuplată la fântâna de sifon, unde în mod normal sunt depozitate pungile de alimentare cu sirop. Apoi, pârghia din partea frontală a distribuitorului de sodă ar trebui să fie apăsată, permițând soluției de curățare să curățe sistemul. Soluția de curățare trebuie să treacă prin sistemul tubului timp de 15-20 de minute.Time Magazine a lansat o poveste care evidențiază necesitatea curățării și spălării periodice a sistemelor de tuburi cu sirop de fumuriu. Articolul afirmă că, după efectuarea unui studiu cu 30 de sisteme diferite de fântână în Virginia, 48% au descoperit că conțin bacterii coliforme, asociate în mod normal cu fecale umane și animale.