Fișierele BIOS precum ROM1.bin și SCPH1000.bin trebuie să fie plasate în același folder unde sunt stocate ROM-urile pentru ca PS2emu să funcționeze. BIOS-urile sunt necesare pentru ca orice emulator PS2 să funcționeze. BIOS-ul reprezintă "sistem de intrare /ieșire de bază" și sunt utilizate în mai mult de emulatori PS2.
Există mai multe fișiere BIOS disponibile pentru emulatorii PS2. Aceasta include SCPH1000.bin, SCPH100.bin și SCPH7003.bin. Jucătorii au nevoie doar de unul din aceste fișiere pentru a crea un emulator PS2. Fiecare fișier BIOS este legat de o regiune diferită în care a fost lansat PS2. De exemplu, SCPH1001.bin este fișierul BIOS pentru PS2 lansat în America, în timp ce SCPH1000.bin și SCPH7003.bin sunt pentru versiunile japoneze și europene, respectiv.