Omul de știință al echipei Rocket Gideon blochează intrarea în Dotted Hole până când jucătorul a învins Team Rocket Grunts la Pestera Icefall. El se va muta din această poziție de îndată ce Grunts vor fi înfrânți.
Jucătorul va trebui să fi ajuns în Pestera Icefall în poveste înainte ca Dotted Hole să poată fi deschis. Un labirint de gheață alunecoasă și țigle care trebuie să fie navigate pentru a găsi capacitatea Waterfall, care permite jucătorilor să progreseze mai adânc în peșteră. Acolo jucătorul va găsi trainerul Elite Four, Lorelei, luptând cu un grup de echipe de rachete de echipă. Jucătorul va trebui doar să învingă unul, în timp ce Lorelei are grijă de restul.
La întoarcerea jucătorului la Dotted Hole, Gideon va dispărea, dar jucătorul este departe de a fi făcut cu el. Capacitatea de tăiere este necesară pentru a trece de la primul etaj al Dotted Hole și două puzzle-uri trebuie apoi rezolvate. După ce a recuperat Sapphire de la Dotted Hole, Gideon se întoarce să o fure, dar de asemenea îi oferă jucătorilor parola pentru a accesa Rocket Warehouse din Five Isle Meadow. Acolo, jucătorul trebuie să lupte cu niște Admin Team Rocket și, în cele din urmă, Gideon însuși să recupereze Sapphire.
